En la frontera con el Brasil, y en general en toda la Amazonia colombiana, los indígenas son el grupo cultural de mayor importancia ancestral; en los últimos tiempos, la colonización de la selva ha empezado a mezclar a indígenas y colonos en costumbres y cultura.

La familia lingüística más extendida en la Amazonia colombiana es la de los tucanos, presente en dos grupos: orientales y occidentales. Los tucanos orientales viven a lo largo del río Vaupés y sus afluentes. Los tucanos occidentales, viven en Caquetá y Putumayo.

Otros grupos como los arahuacos viven en las riberas de los ríos Isana y Guainía; hay dos tribus principales: Curripacos y Banivas. Los Curripacos suelen mezclarse con los puinaves, miembros de una familia lingüística no identificada aún. Otros arahuacos son: achaguas, cabiyaríes, yacunas, matapíes y ticunas, los más australes, habitantes del trapecio amazónico.

Los indígenas en la Amazonia están adaptados a su medio selvático, viven en relación mágica con la naturaleza, con hombres, plantas, animales, ríos y todo cuanto hay dentro y fuera de la tierra.