La mayor parte de su vida transcurrió en el extranjero. Hermano del pintor Andrés Santamaría. 

Hizo sus estudios profesionales en París. Habiendo venido al país en el año de 1904 fue nombrado rector de la facultad de Matemátcas e Ingeniería de la Universidad Nacional, en reemplazo del ingeniero Ruperto Ferreira. Permaneció al frente de la rectoría hasta 1908, año en que fue reemplazado por el ingeniero Alberto Borda Tanco. 

Durante su rectoría se graduó la primera promoción de ingenieros, después de la Guerra de los Mil Días.

Poco después de su retiro de la facultad se ausentó del país para vivir en Bélgica donde pasó sus últimos años.