Tradicionalmente, en Colombia los humedales han sido vistos como un obstáculo para el desarrollo, y se han llegado incluso a crear instituciones de desarrollo territorial con la misión, entre otras, de desecar y drenar pantanos, como antes se denominaba a muchos humedales. De esta manera, se han alterado de manera muchas veces irreversible, la estructura y dinámica de los humedales del país. Esta orientación, sin duda, ha llevado a la disminución de la capacidad de la regulación hídrica y la pérdida de todos los servicios ecosistémicos prestados por los humedales.
Los humedales de la sabana de Bogotá no han sido la excepción. En unos casos, la expansión de los asentamientos urbanos llevó a la desaparición o reducción de muchos humedales, como fue el caso de los bordes de la ciudad de Bogotá y de otros centros menores como Mosquera, Funza y Cota. Y en otros, la expansión de la agricultura y la ganadería llevó a drenar partes importantes de antiguos humedales, cómo fue el caso de la laguna de Fúquene y la Herrera, entre otras. Asimismo, el uso de los humedales como sitios de vertimiento de aguas residuales domésticas e industriales, llevó a la contaminación y eutrofización de muchos de ellos, como es el caso actual de los humedales de La Herrera, La Florida, Gualí, Neuta, Tierra Blanca y la laguna de Fúquene, además de los humedales localizados dentro y en los alrededores del perímetro urbano de Bogotá (El Burro, La Vaca, Tibanica, Capellanía, Guaymaral, Jaboque, Juan Amarillo y otros menores)
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